现如今，随着市场对洁净工程技术需求的多样化发展，创新将成为洁净技术未来发展的“新常态”，整个行业只有在不断优化自身服务，为客户提供更高效的洁净解决方案，强化自身的技术创新意识才能够保证洁净室工程行业自身的健康发展。
客观地来看，洁净室工程企业与客户的紧密结合为洁净室工程行业的技术创新提供了基础。目前很多洁净工程企业在客户方派有技术人员，参与客户的工艺流程等方面的改造工作，甚至参与客户的研发项目，从洁净的技术角度为客户提出专业的意见和建议。
从技术角度来看，洁净室工程企业不仅与下游客户形成了紧密的合作关系，而且随着自身技术实力的增强，以及一体化解决方案成为其主要的业务形态，他们也有意识地与上游的供应商形成了稳定的合作关系，共同促进了整个行业的创新发展。从目前行业发展来看，上游专业技术需求客户、洁净室工程企业和主要的下游供应商已经形成了相对紧密的行业创新链条，产业创新发展的生态已经初步形成。
从我国“十三五”规划来看，工业和信息化部将航空发动机及燃气轮机、深海空间站、量子通信与量子计算机、脑科学与类脑研究、深空探测及空间飞行器在轨服务与维护系统、煤炭清洁高效利用、重点新材料研发及应用、天地一体化信息网络、高档数控机床、深海探测、核医学影像设备、新能源汽车等近百项技术作为“十三五”期间的重点，而这些技术和应用会不同程度利用到洁净室相关技术。这些都为洁净技术的创新应用提出了新的要求，开拓出新的市场空间。
洁净室工程行业是一个需求驱动的行业，需求端技术要求的不断提高为洁净室行业提出了更多更新的要求，推动洁净室行业技术创新。作为现代技术的支持性行业，现代技术向微观化、集成化的发展，对洁净技术和整个洁净行业提出了更迫切的要求。
当前半导体技术已经进入了纳米的层次，平板显示技术从TFT向AMOLED等新型显示技术方向发展，纳米新材料技术在各方面的应用，基因技术的发展和普及，以及航天航空技术、智能制造技术等都无不对洁净技术提出新的要求。这种迅速变革的需求也正在促进整个洁净室工程行业的转型升级，成为推动我国，以至于全球洁净行业的推动力量。而传统领域对洁净技术的需求虽然也有所提高，如食品生产和流通、医疗制药、精密仪器、数据中心、生物工程中心、化妆品生产等领域，但是增长速度维持在一定的水平，属于传统的洁净室需求领域，其对洁净室技术的要求也相对较低。
因此未来洁净室工程行业将面临行业分化的发展状况，不排除在一些高端领域形成专业性较强洁净工程公司在一定范围内垄断的局面。
