为了达到企业的需求，同时防止交叉污染，GMP净化车间的搭建需要专属的材料，这样才能有效组织外部污染的流入，同时又能预防内部空气的流出。还有过滤除尘、气流组织换气、过滤效率等对于车间结构材料的选用，也有明确的要求。所以，GMP作为强制性标准，是有很强的指导意义的。
车间地面通常都有防静电的要求，可以选用高级耐磨塑料地板，性价比高的也可以考虑环氧气流平地坪。同时，地面还应该要坚固、不渗水以及容易清洁，表面要平坦且不容易积水。为了确保净化车间拥有合适的气流，送风口必须要确保高效，最好是采用不锈钢的框架，结合冲孔网板，既不容易生锈，还不沾灰尘。
另外，净化车间的送风管道也是十分重要的，它的好坏决定过来气流组织以及换气的效率，建议选用热镀锌板制作而成的送风管道，同时结合净化、保温效果都比较好的材质，在这方面不妨选择阻燃型的PF发泡塑胶板，它的性能已经得到了很多企业的认可，能够确保拥有良好的性能。
车间的墙面不仅要美观、洁净，同时要具有易清洗和消毒的特性，材料最好是无毒、防水、防霉且不易脱落。此外，净化车间的门窗应该具备防虫、防尘以及防鼠的设备，和圆弧的墙角一样应该选用专用氧化铝型材料打造而成。车间的顶面要不容易凝结水球，可以采用50mm厚的夹心彩钢板，坚固、美观又容易清洁。
